Hallo Jonas,
sicher ehrt es alle im Forum, daß Du uns für Hellseher hältst, aber leider gibt es ein paar Leute, die diese Fähigkeit nicht haben

Welches ist diese "kleine Muxer-Programm"? Laufen die mpg-Files auch auf dem PC asynchron? Hier ist der Workflow, mit dem ich meine Files bearbeite:
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SD:
Die File vom Technisat mit SUPER prozessieren:
Container: MPG
Output Video Codec: MPEG-II
Output Audio Codec: MP2
Encoder: MEncoder
Video und Audio auf "Stream Copy",
Datei speichern.
Die fertige MPEG2 Datei mit MPEG-VCR trimmen/schneiden.
HD:
Die File mit Ts4Np prozessieren:
Haken bei "Use asynch I/O" und "Bypass Audio Alignment".
Output Format: TS
Die fertige TS kann mit TSDoctor geschnitten werden.
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Ts4Np macht einen Remux, aber Du hast anscheinend sowieso nur SD-Material. Wenn Du meine Tips natürlich nicht testest und lieber ProjectX verwendest, kann ich Dir nicht weiterhelfen.
Viele Grüße
Horst